A Biblioteca da Faculdade de Medicina de Lisboa teve as suas origens em 1815, na Livraria Cirúrgica da Escola de Cirurgia, localizada no Hospital de S. José, antecedendo a própria criação da Real Escola de Cirurgia em 1825.
Os ajudantes e praticantes matriculados nas aulas de Anatomia e Cirurgia, pediram ao Príncipe Regente D. João, a criação de uma biblioteca de medicina, detentora de manuais essenciais aos seus estudos, de autores como Santucci, Cullen, Dufau, Soares Franco, Sant’ana e outros.
Em 1834, a vaga liberal conduz à extinção de conventos e mosteiros, transitando para a Biblioteca da Escola Médico-Cirúrgica, parte dos livros de Medicina contidos nos seus valiosos espólios.
Em 1845, foi enriquecida esta biblioteca com o legado do médico Simão José Fernandes (4000 livros), que englobava uma preciosa colecção de livros raros.
Em 1910/11, a Biblioteca foi transferida para um novo edifício construído no Campo de Santana, para a Escola Médico-Cirúrgica (a partir de então designada Faculdade de Medicina de Lisboa).
Em 1942, é publicado pelo Professor Marck Athias, o primeiro catálogo da colecção de obras raras portuguesas.
Em 1954, a Biblioteca é de novo transferida para o edifício do Hospital (Escolar) de Santa Maria onde permanece até hoje.
Actualmente, possui uma colecção de aproximadamente 35 500 monografias e 1 350 títulos de periódicos, acedendo a uma vasta colecção de periódicos on-line através do portal B-ON.