A Biblioteca-CDI teve a sua origem na Livraria Cirúrgica da Escola de Cirurgia fundada em 1815 e que funcionava no Hospital Real de S. José, dispondo portanto de um vasto e valioso núcleo de livros de interesse histórico com aproximadamente 4 000 exemplares. Esta colecção é muito rica em espécies dos séculos XVI a XIX,  provenientes do fundo de antigas livrarias conventuais extintas e de legados importantes de que é exemplo o do Dr. Simão José Fernandes.

Projecto de Informatização e Preservação Documental financiado pela Fundação Calouste Gulbenkian 

Decorre, em articulação com o projecto da Universidade de Lisboa “UL Digital”, um projecto faseado de preservação, avaliação, informatização, digitalização e difusão do núcleo de livros raros da Biblioteca – CDI.